Trois dangereux malfaiteurs sont entrés dans la réserve secrète du royaume des ténèbres et se sont emparés de 3 trésors : l'épée des ténèbres, le miroir et la boule de Gaki. Pour couvrir leur fuite, ils se sont infiltrés dans le monde des humains. Yusuke est chargé par Koemma de récupérer les items et de capturer les 3 brigands.

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Genkaï, une amie de Koemma qui possède de redoutables pouvoirs, a décidé de recruter un disciple auquel elle transmettra tout son savoir. Les pouvoirs de Genkaï étant fortement désirés par de nombreux malfrats, Koemma et Botan ont chargé Yusuke de participer à ce tournoi afin de surveiller leur transmission. Sur place, Yusuke retrouve son vieil ami Kuwabara qui participe également aux sélections.

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La cité des zombies, créée par 4 monstres appelés Shiseïjus, est un repère où se cachent les monstres recherchés par les instances célestes. Revendiquant le droit de vivre dans le monde des humains, les Shiseïjus ont lâché un millier d'insectes sur terre qui se fixent sur les âmes humaines. Les humains parasités deviennent des êtres maléfiques attirés par la violence et la destruction. Botan charge Yusuke et Kuwabara de se rendre à la cité des zombies récupérer la flûte qui dirige les insectes. Kurama et Hieï, auxquels Koemma a promis une réduction de peine, sont également de la partie.

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Yusuke et Kuwabara sont chargés par Koemma de venir au secours de Yukina, la sœur de Hieï, retenue prisonnière par Tarukane Konzo, un puissant malfrat. Yukina, qui fait partie des " filles des glaces ", est capable de créer avec ses larmes des pierres précieuses d'une pureté légendaire. Tarukane Konzo n'a d'autre but que de s'enrichir en lui faisant produire des pierres.

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Toguro a contraint par la force Yusuke, Kuwabara, Hieï et Kurama à participer au tournoi d'AnkokuBujustu qui se déroule sur l'île de Kubitkuri. En effet, les organisateurs du tournoi estiment que Yusuke et ses compagnons sont en train de devenir gênants pour leurs affaires et ils aimeraient se débarrasser d'eux. Pour survivre, l'équipe d'Urameshi n'a pas d'autres choix que de remporter le tournoi. Comme cinquième membre de son équipe, Yusuke a recruté un mystérieux combattant masqué.

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Yusuke a été enlevé par 3 lycéens qui semblent posséder d'étranges pouvoirs. Ces derniers demandent à Kuwabara, Hieï et Kurama de se rendre au manoir de la quatrième dimension à Rokuro.

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Koemma fait à nouveau appel à Yusuke et ses amis car Sensuï et ses hommes sont en train d'agrandir le tunnel reliant le monde des humains à celui des ténèbres. Très prochainement, les monstres de puissantes catégories risquent de pouvoir accéder au monde des humains.

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3 monstres, Raïzen, Mukuro et Yomi, veulent asseoir leur domination sur le monde des ténèbres. Leurs forces étant quasi similaires, ils coexistent depuis 5 siècles dans un équilibre fragile, malgré leurs nombreux désaccords. Cependant, cet équilibre risque d'être prochainement remis en question car, l'un d'eux, le roi Raïzen (père de Yusuke) est sur le point de mourir. Dans l'hypothèse d'une lutte future, Yusuke, Hieï et Kurama ont respectivement rejoint Raïzen, Mukuro et Yomi. A la mort de Raïzen, Yusuke parvient à imposer l'idée de désigner le dirigeant du monde des ténèbres au cours d'un grand tournoi.

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